به طور كلی‌ شبهات‌ در 6 عرصه‌ قابل‌ طبقه‌بندی‌ است‌:
1. دین‌ و ضرورت‌ و فایده‌ آن‌ در دوران‌ معاصر؛
2. اصول‌ و ارزش‌ها و احكام‌ اسلامی‌ (تاریخ‌ اسلام‌، كلام‌، فقه‌،...)؛
3. عناصر شیعی‌ باورها و عقاید و فرهنگ‌ دینی‌ جامعه‌ (جریان‌ غدیر و سقیفه‌، خدمات‌ خلفای‌ جور، اختصاصات‌ فقهی ‌شیعه‌، عصمت‌ ائمه‌ معصومین‌(ع‌)، شهادت‌ حضرت‌ فاطمه‌ زهرا(ع‌)، حماسه‌ عاشورا و ...)؛
4. استنباط‌ مباحث‌ دینی‌، كاركرد حوزه‌های‌ علمیه‌ اصل‌ ضرورت‌ روحانیت‌ و...؛
5. مباحث‌ مربوط‌ به‌ انقلاب‌ اسلامی‌ ایران‌؛
6. كاركرد و كارآمدی‌ نظام‌ جمهوری‌ اسلامی‌ و مدیریت‌ و رهبری‌ آن‌ و پایه‌های‌ حقوقی‌ ساختاری‌ آن‌.
بدیهی‌ است‌ هر گروهی‌ از شبهات‌ توسط‌ مراكز خاص‌ و با انگیزه‌های‌ متفاوت‌ از هم‌ مطرح‌ می‌گردد و مخاطبان ‌مشخصی‌ را نیز هدف‌ قرار می‌دهد. قطعاً برای‌ «شبهه‌یابی‌» در عرصه‌های‌ فوق و پاسخ‌دهی‌ آن‌، منابع‌ و پژوهشگران ‌ویژه‌ای‌ بنا به‌ اقتضاء موضوع‌ باید مدنظر قرار گیرد.
ملاك‌های‌ اولویت‌بندی‌:
چه‌ شبهه‌ای‌ برای‌ پاسخ‌گویی‌ در اولویت‌ است‌؟
1. شبهاتی‌ كه‌ نسبت‌ به‌ سایر شبهات‌ از نظر موضوع‌، تقدم‌ داشته‌ باشد و برخی‌ شبهات‌ فرعی‌ با پاسخ‌ آن‌، خود به خود منتفی ‌می‌گردد.
2. شبهاتی‌ كه‌ در جهت‌ ایجاد تزلزل‌ در باورها و انحراف‌ در رفتار مخاطب‌، تأثیر بیشتری‌ دارد.
3. شبهاتی‌ كه‌ گستره‌ شیاع‌ و طرح‌ آن‌، گسترده‌تر باشد.
4. شبهاتی‌ كه‌ گروه‌ مخاطبان‌ آن‌ از تأثیرگذاری‌ اجتماعی‌ بیشتری‌ برخودار باشند (از قبیل‌ فرهیختگان‌، مدیران‌، دانشجویان ‌و طلاّب‌،...)